Program Studi Magister Ilmu al-Qur’an dan Tafsir, yang selanjutnya disebut PS Magister IAT adalah program studi jenjang stata-dua baru dibawah lingkungan fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. PS Magister IAT mendapatkan ijin operasional penyelenggaraan pendidikan pada tanggal 16 Juli 2016 dengan berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 646 Tahun 2019. Atas dasar surat keputusan tersebut, PS Magister IAT memulai penyelenggaraan pendidikan pada tahun ajaran 2019/2020. Namun demikian, secara historis, kajian al-Qur’an dan Tafsir bukanlah kajian baru di Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam pada jenjang strata-dua. Sebelum adanya ijin penyelenggaraan resmi dengan sebutan PS Magister IAT, kajian al-Qur’an dan tafsir merupakan salah satu konsentrasi di program studi Magister Aqidah dan Filsafat Islam dengan sebutan Studi Quran Hadis (SQH). Setelah PS Magister IAT telah mendapatkan ijin operasional resmi, peminat kajian al-Qur’an dan tafsir kemudian dipisah dari Program Studi Magister Akidah dan Filsafat. Hingga tahun 2021, PS Magister IAT telah menerima mahasiswa sebanyak tiga angkatan dengan dua konsentrasi, yakni Ilmu al-Qur’an dan Hadis dan Studi Hadis.

Dalam menjalankan aktivitas akademiknya, PS Magister IAT berdasarkan pada visi “Unggul dan Terkemuka dalam memadukan keilmuan al-Qur’an dan Tafsir dengan realitas kontemporer demi kemajuan peradaban”. Makna unggul dan terkemuka dalam visi tersebut merupakan tekad PS Magister IAT untuk menjadi program studi di tingkat strata-dua yang memiliki reputasi tinggi di tingkat Nasional, regional dan internasional pada tahun 2025. Keunggulan dalam visi tersebut juga menunjukkan tekad PS Magister IAT untuk menjadi rujukan dalam perkembangan keilmuan al-Qur’an dan tafsir yang terpadu dengan perkembangan teknologi dan sosial-kemasyarakatan dengan mengusung semangat kajian al-Qur’an kontemporer (contemporary quranic studies). Pola integrasi dan interkoneksi yang diusung oleh PS Magister IAT menunjukkan semangat yang sejalan dengan visi Universitas dan Fakultas.

Untuk mencapai visi tersebut, PS Magister IAT melaksanakan pendidikan dengan mengacu pada kurikulum berbasis Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI) dan Standar Nasional Pendidikan Tinggi (SNPT). Penggunaan kurikulum KKNI ditunjukkan dengan batas maksimal SKS untuk jenjang magister sebesar 36 SKS, dengan 32 SKS wajib (termasuk Tesis) dan 12 SKS pilihan. Penetapan profil lulusan, capaian pembelajaran (CP) atau learning outcame (LO) juga mengacu pada standar yang ditetapkan dalam KKNI, yakni dalam menentukan profil lulusan, PS Magister IAT menetapkan lulusan sebagai mufassir madya, akademisi, dan peneliti. Begitu juga dalam penetapan capaian pembelajaran mengarah pada sikap dan tata nilai, pengetahuan, keterampilan umum, dan keterampilan khusus.